Doktorand i bioteknologi inriktning metagenomik

KTH svarar för en tredjedel av Sveriges kapacitet av teknisk forskning och ingenjörsutbildning på högskolenivå. Utbildningen och forskningen täcker ett brett område – från naturvetenskap till alla grenar inom tekniken samt arkitektur, industriell ekonomi och samhällsplanering. Totalt finns vid KTH mer än 12600 studenter på grundnivå och avancerad nivå och över 1800 forskarstuderande. KTH har nästan 4800 anställda.

Skolan för bioteknologi vid Kungliga Tekniska högskolan har som mål att ge en stark kunskapsbas för teoretiska och tillämpade frågeställningar inom livsvetenskaperna. Skolan består av sex avdelningar, Genteknologi, Glykovetenskap, Industriell bioteknologi, Proteinteknologi, Proteomik och Nanobioteknologi samt Teoretisk kemi och biologi. Skolans verksamhet är lokaliserad till AlbaNova Universitetscentrum, Stockholm och Science for Life Laboratory, Solna. Vi är cirka 300 anställda, varav många är involverade i bioteknisk forskning på internationell toppnivå. Skolan erbjuder också civilingenjörs- och mastersutbildningar.

ARBETSUPPGIFTER
Komplexa sammansättningar av mikroorgansimser spelar centrala roller i många ekosystem som t.ex. havet där de står för en stor del av omsättningen av kol och näringsämnen. Sammansättningen och aktiviteten av mikroorganismer kan också användas som en indikator på olika miljötillstånd och kan mätas genom sekvensering av DNA och RNA från ett prov (s.k. metagenomik). Detta projekt går ut på att utveckla bioinformatiska metoder för att extrahera signaler från storskaliga metagenom-dataset för att kunna diagnosticera olika tillstånd i ett ekosystem. Arbetsuppgifterna kommer vara i huvudsak algoritmutveckling, programmering och statistisk analys. Mjukvaror och databaser kommer att utvecklas inom ramen för ett inter-disciplinärt internationellt projekt där kommunikation med övriga aktörer kommer vara viktigt.

KVALIFIKATIONER
Magisterexamen eller motsvarande utbildning i bioinformatik eller angränsande områden.

Dokumenterat goda kunskaper inom matematik och sannolikhetslära.

Bevisade färdigheter i programmering (t.ex. C/C++, Perl, Python, R) och erfarenhet av Linux/Unix-miljöer.

Erfarenhet av analys av storskaliga sekvenseringsdata är önskvärt, gärna inom metagenomik, liksom erfarenhet av databasutveckling och programmering av webapplikationer.

Goda kunskaper i engelska, i tal och skrift.

Sökande skall vara starkt motiverad för forskarstudier, ha förmåga till självständigt arbete och kritisk analys samt ha god samarbets- och kommunikationsförmåga.