Forskartjänst i biofysik med fokus på artificial intelligence

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 45 000 studenter, mer än 7 000 anställda och en omsättning på cirka 7 miljarder kronor.




Forskartjänst i kemi med inriktning mot strukturbiologi: överbrygga gapet mellan experiment och artificiell intelligens för att bestämma proteinstruktur.

https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Institutionen för kemi – BMC bedriver forskning och utbildning inom analytisk kemi, biokemi och organisk kemi. Drygt 100 personer, varav ca 45 doktorander, arbetar vid institutionen. Nya medarbetare och studenter rekryteras från hela världen och engelska är det huvudsakliga arbetsspråket. Institutionen är belägen vid Biomedicinskt Centrum i Uppsala där det finns goda möjligheter till samarbeten med forskargrupper inom biologi, farmaci, medicin och SciLifeLab samt tillgång till avancerad infrastruktur för experimentella och teoretiska studier. Den internationella miljön och möjligheterna till tvärvetenskapliga samarbeten ger forskarstuderande vid institutionen möjlighet att medverka i relevanta forskningsprojekt och förbereda sig för en internationell forskningskarriär.

Läs mer om forskningen vid Inst. för kemi – BMC på vår https://www.kemi.uu.se/bmc/forskning. 

Anställningen är placerad i Westenhoffs forskargrupp. Teamet har som mål att avslöja strukturell dynamik av proteiner och kemiska reaktioner. Forskningen ligger vid gränssnittet mellan biologi, kemi och fysik och har resulterat i två ERC-utmärkelser. Gruppen publicerar kontinuerligt i ansedda tidskrifter. Hitta mer information på: http://www.westenhofflab.net/ och på https://scholar.google.co.uk/citations?hl=en&user=4LGJqxkAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate

Vi letar efter en forskare som kommer att tillämpa och vidareutveckla state-of-the-art metoder för att prediktera och bestämma proteinstruktur med kryo-EM-data och/eller seriell röntgenkristallografi. Vi välkomnar sökande som bidrar med egna idéer i projektet.

Vi söker en forskare för att fastställa bestämma proteinstrukturer som är hybrider mellan predikerade struktur och experimentell data. Projektidén är att bestämma strukturen med hjälp av enpartikel kryo EM (projekt 1) eller seriell röntgenkristallografi (projekt 2) och att kombinera dessa med proteinstruktur förutspått genom maskininlärning och artificiell intelligens (AlphaFold). Metodutvecklingen inom maskininlärning sker i nära samarbete med Lindstens arbetsgrupp vid avdelningen för statistik och maskininlärning vid Linköpings universitet. Ange gärna vilket av projekten du är intresserat av; att kombinera dem är också ett alternativ. Vi är mycket intresserade av dina egna idéer inom ämnesområdet och tjänsten ger möjlighet att utveckla de.

Arbetsuppgifter
Beroende på projektdesign och dina personliga preferenser kan arbetsuppgifterna omfatta:

- Forskning inom det angivna projektet.
- Beräkningsanalys av enpartikelkryo-EM och/eller seriell kristallografidata med AI eller maskininlärning.
- Tillämpning av experimentella data för att begränsa sökutrymmet för prediktionsmetoder som använder maskininlärning till förutsägelse av proteinstruktur.

Kvalifikationskrav
För anställning som forskare ska du ha doktorsexamen, eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, i beräknings- eller experimentell strukturbiologi, eller ett relaterat område.

Vi förväntar oss att du har:
Praktisk expertis med antingen avancerad beräkningsdataanalys och/eller programmering inom strukturbiologi eller avancerade kunskap inom enpartikel kryo elektronmikroskopi eller seriell kristallografi för bestämning av proteinstruktur. En mycket bra publikationslista som visar vetenskaplig mognad och produktivitet. En meritlista som demonstrerar vetenskapligt oberoende, kreativitet, lagarbete och resultatorientering

Vi lägger stor vikt vid personliga egenskaper såsom din förmåga att leda forskning framåt och din förmåga att kunna jobba i team. Kandidaten ska ha mycket bra förmåga att uttrycka sig på engelska, i såväl tal som i skrift.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Det är fördelaktigt om du har:

- Förstahandserfarenhet av maskininlärning och artificiell intelligens som tillämpas på problem inom biofysik eller strukturbiologi.
- Har dokumenterad experiment i gränssnittet mellan beräknings- och experimentell strukturbiologi.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, 12 månader. Omfattningen är heltid. Tillträde 1 mars 2022, eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av: 
Intresserade kandidater uppmanas att kontakta Professor Sebastian Westenhoff, sebastian.westenhoff@kemi.uu.se, (+46 766 18 3936) för mer information.

Välkommen med din ansökan senast den 22 Februari 2022, UFV-PA 2022/285.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.