Postdoktor med inriktning mot bioinformatik

vid Institutionen för biokemi och biofysik. Sista ansökningsdag: 2019-10-08.


Placering vid Science for Life Laboratory i Stockholm. SciLifeLab är ett nationellt centrum för storskalig livsvetenskaplig forskning med en avancerad teknologisk infrastruktur. Vid SciLifeLab utförs multidisciplinär forskning baserad på DNA-sekvensering, genexpressionsanalys, proteomik, bioinformatik, biostatistik och systembiologi. Målsättningen är att göra det möjligt för svenska forskare att analysera gener, transkript och proteiner i olika organismer i avsikt att klarlägga molekylära mekanismer relaterade till hälsa och miljö. Exempel på tematiska forskningsområden som för närvarande bearbetas inom SciLifeLab är klinisk genomik/proteomik, cancergenomik och komplexa sjukdomars genomik samt ekologisk och miljörelaterad genomik. Bioinformatik och systembiologi är centrala aktiviteter inom centret, och en betydande del av personalen vid SciLifeLab arbetar inom dessa områden.

Projektbeskrivning
Vi söker en postdoktor med  inriktning mot bioinformatik, särskilt med inriktning mot inferens av genreglernätverk och analys av genuttrycksdata.

Arbetsuppgifter
Postdoktorn skall delta i forskningsprojekt, handledd av Profs. Erik Sonnhammer, Claudia Kutter och övriga deltagare i projekten. Projektet syftar till att ta fram pålitliga genreglernätverk från genuttrycksdata som generats av shRNA perturbationer, antingen inom ENCODE projektet eller internt inom Kutter gruppen. Metoderna för nätverksinferens har utvecklats av Sonnhammer gruppen. Det producerade nätverket ska analyseras för länkar kopplade till kända RBP funktioner och lncRNA bindning, och de viktigaste av dessa kommer att valideras experimentellt. Projektet omfattar programmering, dataanalys, benchmarking och modellering samt tillämpning av de utvecklade metoderna på experimentella data som genereras av projektet.

Behörighetskrav
Doktorsexamen inom bioinformatik och goda kunskaper inom molekylärbiologi och bioteknik. Alternativt doktorsexamen inom molekylärbiologi, bioteknik, eller liknande, samt minst 2 års postdoktoralt forskningsarbete inom bioinformatik och programmering, dokumenterat med publicerade vetenskapliga artiklar. Examen skall vara avlagd högst tre år före ansökningstidens utgång. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare. Sådana skäl är ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, klinisk tjänstgöring, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer eller andra liknande omständigheter

Det är väsentligt att visa på kunskap om tekniker för sekvens- och molekylärdataanalys. Utmärkta färdigheter i datorprogrammering (främst Matlab, Python, R), UNIX och kunskap om biologiska databassystem är nödvändiga meriter.

Bedömningsgrunder
- Erfarenhet av programmering
- Erfarenhet av genuttrycksanalys
- Erfarenhet av statistisk dataanalys
- Kunskaper inome molekylärbiologi

Arbetet sker i team, därför är det viktigt att du är utåtriktad och kan ta initiativ. Arbetet sker i en internationell miljö därför lägges stor vikt vid kommunikativa förmåga.

Anställningsvillkor
Anställningen avser heltid och gäller tills vidare, dock längst två år. 

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.

Kontakt
Närmare information lämnas av professor Erik Sonnhammer, Stockholms universitet Erik.Sonnhammer@scilifelab.se.

Fackliga företrädare
Ingrid Lander (Saco-S), tfn 0708-16 26 64, saco@saco.su.se, Alejandra Pizarro Carrasco (Fackförbundet ST/Lärarförbundet), tfn 08-16 34 89, alejandra@st.su.se, samt seko@seko.su.se (SEKO).

Ansökan
Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

När du ansöker ber vi dig att fylla i följande uppgifter


• dina kontakt- och personuppgifter
• din högsta examen
• dina språkkunskaper
• kontaktinformation för 2–3 referenspersoner

och att bifoga följande dokument


• personligt brev
• CV – examina och övriga utbildningar, arbetslivserfarenhet och publikationsförteckning
• projektplan/forskningsplan (bör ej överstiga 3 sidor) som beskriver:
– varför du är intresserad av det i annonsen beskrivna ämnet/projektet
– varför och hur du vill bedriva projektet
– vad som gör dig lämplig för det aktuella projektet
• kopia av bevis på doktorsexamen
• eventuella rekommendationsbrev (max 3 filer)
• egna publikationer som du önskar åberopa (max 3 filer).

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: anvisningar – sökande.

Välkommen med din ansökan!