Postdoktortjänst i biofysik med fokus på artificial intelligence

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 45 000 studenter, mer än 7 000 anställda och en omsättning på cirka 7 miljarder kronor.




Postdoktor inom strukturbiologi: överbrygga gapet mellan experiment och artificiell intelligens för att bestämma proteinstruktur.

https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/.

Institutionen för kemi – BMC bedriver forskning och utbildning inom analytisk kemi, biokemi och organisk kemi. Drygt 100 personer arbetar på institutionen. Nya medarbetare och studenter rekryteras från hela världen och engelska är det huvudsakliga arbetsspråket. Institutionen är belägen vid Biomedicinskt Centrum i Uppsala där det finns goda möjligheter till samarbeten med forskargrupper inom biologi, farmaci, medicin och SciLifeLab samt tillgång till avancerad infrastruktur för experimentella och teoretiska studier.

Läs mer om forskningen vid Inst. för kemi – BMC på vår https://www.kemi.uu.se/bmc/forskning. 

Anställningen är placerad i Westenhoffs forskargrupp. Teamet har som mål att avslöja strukturell dynamik av proteiner och kemiska reaktioner. Forskningen ligger vid gränssnittet mellan biologi, kemi och fysik och har resulterat i två ERC-utmärkelser. Gruppen publicerar kontinuerligt i ansedda tidskrifter. Hitta mer information på: http://www.westenhofflab.net/ och på https://scholar.google.co.uk/citations?hl=en&user=4LGJqxkAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate

Vi letar efter en postdoktor som kommer att tillämpa och vidareutveckla state-of-the-art metoder för att prediktera och bestämma proteinstruktur med kryo-EM-data och/eller seriell röntgenkristallografi. Vi välkomnar sökande som bidrar med egna idéer i projektet.

Vi söker en postdoktor för att fastställa bestämma proteinstrukturer som är hybrider mellan predikerade struktur och experimentell data. Projektidén är att bestämma strukturen med hjälp av enpartikel kryo EM (projekt 1) eller seriell röntgenkristallografi (projekt 2) och att kombinera dessa med proteinstrukturförutspått genom maskininlärning och artificiell intelligens (AlphaFold). Metodutvecklingen inom maskininlärning sker i nära samarbete med Lindstens arbetsgrupp vid avdelningen för statistik och maskininlärning vid Linköpings universitet. Ange gärna vilket av projekten du är intresserat av; att kombinera dem är också ett alternativ. Vi är mycket intresserade av dina egna idéer inom ämnesområdet och tjänsten ger möjlighet att utveckla de.

Arbetsuppgifter  
Beroende på projektdesign och dina personliga preferenser kan arbetsuppgifterna omfatta:

- Forskning inom det angivna projektet.
- Beräkningsanalys av enpartikelkryo-EM och/eller seriell kristallografidata med AI eller
- maskininlärning.
- Tillämpning av experimentella data för att begränsa sökutrymmet för prediktionsmetoder som använder maskininlärning till förutsägelse av proteinstruktur.

Kvalifikationskrav
Doktorsexamen i beräknings- eller experimentell strukturbiologi/ett relaterat område, eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen i beräknings- eller experimentell strukturbiologi. Examen ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör den komma ifråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, etc.

Vi förväntar oss att du har:

- Praktisk expertis med antingen avancerad beräkningsdataanalys och/eller programmering inom strukturbiologi eller avancerade kunskap inom enpartikel kryo elektronmikroskopi eller seriell kristallografi för bestämning av proteinstruktur.
- En mycket bra publikationslista som visar vetenskaplig mognad och produktivitet.
- En meritlista som demonstrerar vetenskapligt oberoende, kreativitet, lagarbete och resultatorientering.

Vi lägger stor vikt vid personliga egenskaper såsom din förmåga att leda forskning framåt och din förmåga att kunna jobba i team. Kandidaten ska ha mycket bra förmåga att uttrycka sig på engelska, i såväl tal som i skrift.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Det är fördelaktigt om du har:

- Förstahandserfarenhet av maskininlärning och artificiell intelligens som tillämpas på problem inom biofysik eller strukturbiologi.
- Har dokumenterad experiment i gränssnittet mellan beräknings- och experimentell strukturbiologi.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad  i 2 år enligt centralt kollektivavtal. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av: 
Intresserade kandidater uppmanas att kontakta Professor Sebastian Westenhoff, sebastian.westenhoff@kemi.uu.se, (+46 766 18 3936) för mer information.

Välkommen med din ansökan senast den 22 februari 2022, UFV-PA 2022/292.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.