Projektassistent

Arbetsuppgifter
Projektassistentens arbetsuppgifter kommer att vara att skapa ett verktyg för analys av fluoroscensmikroskopiska bilder av DNA utsträckt i nanokanaler och inmärkt med vår unika streckkodsmetod [2] för identifiering och inbördes matchning av mönster längs DNA för användning för identifikation av större genomiska variationer och som hjälp för sekvensering.
Specifikt innefattar det arbetet behandling av data i flera steg:
(1) avancerad brusreducering hos experimentella data bland annat med hjälp av bildigenkänningsalgoritmer.
(2) hantering av avvikelser i experimentella data (felaktigt utsträckt DNA; fotoskadat DNA mm).
(3) beräkning av teoretiskt förväntade mönster längs DNA baserat på kända sekvenser samt uppbyggnad av databas bestående av dessa mönster.
(4) matchning av behandlade experimentella data för att skapa konsensusmönster samt matchning till teoretiska mönster. Här är det också viktigt att identifiera eventuella avvikelser från tidigare erhållna sekvenser samt mellan olika stammar och underarter. All matchning sker med noggrann statistisk analys som ger ett mått på kvaliteten hos matchningen.
(5) utveckling av verktyg för att assemblera genom baserat på experimentellt erhållna kontiger. Detta innefattar beräkning av teoretiska mönster för kontigerna och matchning till konsensusmönster från streckkodskaraktäriserat DNA. Detta är ytterst viktigt för sekvensering.

Önskvärda kvalifikationer
Krav för denna anställning är:
-Grundexamen i matematik.
-Kunskap i bioinformatik och djup erfarenhet av programmering, speciellt i programmeringsspråken MatLab och C++.
-Goda kunskaper i engelska avseende muntlig och skriftlig förmåga.