Bioinformatiker

Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik (MEB) bedriver epidemiologisk forskning på världsfronten. Projekten syftar i regel till att öka kunskaperna om sjukdomar inom epidemiologiska området. Grunden för vår forskning innefattar information insamlad via enkäter, intervjuer, journaler, olika typer av register samt prover. Vår institution består av forskare, doktorander, statistiker, programmerare, IT-tekniker och teknisk-administrativ personal, totalt ca 250 personer.
Institutionen är belägen på campusområdet i Solna. Mer information finns på: http://ki.se/meb



Avdelning
Forskningen sker i Professor Henrik Grönbergs forskargrupp vid namn ClinSeq.

Ändamålet med ClinSeq är att utveckla infrastrukturen för genomisk profilering inom cancer för att stötta forskning på toppnivå, kliniska studier och implementation av ny genomikbaserad diagnostik i klinisk vård. För mer information om projektet se www.clinseq.org.

Arbetsuppgifter
Arbetet innebär en ledande roll i utvecklingen av bioinformatisk analys av cancergenomikdata i projektet Clinical Sequencing of Cancer. Detta innefattar DNA- och RNA-sekvensdata från multipla cancersjukdomar. Arbetet inkluderar planering, koordinering och genomförande av aktuella forskningsprojekt inom cancerepidemiologi. Planering av experiment, storskalig analys och sammanställning av sekvensdata är viktiga hörnstenar. Arbetet kommer även att innebära författande av vetenskapliga artiklar.   

Kvalifikationer
Vi söker dig som är disputerad inom bioteknologi samt har arbetat med forskning inom cancergeneomik, gärna som postdoktor.

För att lyckas i rollen bör du ha erfarenhet av insamling och hantering av cancervävnadsprover, molekylära processer och analys av storskalig DNA-sekvensdata, inkluderande genomisk RNA-sekvensdata inom cancerområdet.

Vidare söker vi dig med förståelse för cancerbiologi och koppling mellan mutationsmönster och subtyper av cancer. Du bör även ha förståelse för olika vävnadshanteringstekniker, hur de påverkar nedströms analyser samt kunna hantera aktuella tekniker för att extrahera DNA och RNA, bedöma vävnadssnitt samt provpreparation inför storskalig DNA/RNA sekvensering.

Programmering sker i bash, R, Python, Pearl, Java och Scala. GATK och Queue är hörnstenar i analyspipelinen. Kunskap för arbete i klustermiljö och Linux/Unixmiljö är krav.

Vi söker dig som är självständig, amitiös och initiativtagande. Vi ser också att du har god samarbetsförmåga och är kommunikativ. Du har även en problemlösande och numerisk analysförmåga och är kreativ i ditt arbetssätt.    

Ansökningsförfarande
Ansökan ska göras via rekryteringssystemet NetRecruiter.

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.


Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. I Sverige står Karolinska Institutet för drygt 40 procent av den medicinska akademiska forskningen och har det största utbudet av medicinska utbildningar. Sedan 1901 utser Nobelförsamlingen vid Karolinska Institutet mottagare av Nobelpriset i fysiologi eller medicin.
Enligt Riksarkivets föreskrifter arkiveras ansökningshandlingar i två år efter att tillsättningsbeslutet vunnit laga kraft. Detta gäller dock ej bilagor som är tryckta eller på annat sätt publicerade.
Karolinska Institutet strävar efter att vara en arbetsplats med jämn könsfördelning som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.
Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser.